История образования филиала ФБУ "Рослесозащита" - "ЦЗЛ Калининградской области" начинается с распоряжения комитета по управлению имуществом Калининградской области, которым в 1998 году Балтийское лесное селекционно-семеноводческое лесохозяйственное предприятие Калининградского управления лесами было реорганизовано в Федеральное государственное учреждение "Центр защиты леса и лесного семеноводства Калининградской области". В соответствии с приказом Федерального государственного учреждения "Российский центр защиты леса" № 134 от 20 августа 2002 года Федеральное государственное учреждение "Центр защиты леса и лесного семеноводства Калининградской области" вошло в состав Федерального государственного учреждения "Российский центр защиты леса" и стало одним из его филиалов. Приказами Федерального агентства лесного хозяйства от 14.03.2011 г. № 70 и Федерального бюджетного учреждения "Российский центр защиты леса" от 19.09.2011 № 335 - р переименован в филиал ФБУ "Рослесозащита" - "ЦЗЛ Калининградской области".
Филиал ФБУ "Рослесозащита" "ЦЗЛ Калининградской области" - обособленное подразделение, основной целью деятельности которого является исполнение лесного законодательства в части полномочий Российской Федерации в области защиты леса и лесного семеноводства на землях государственного лесного фонда Калининградской области.
